圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗(⏩)议。而就在此时(🦊)，担任护卫的警察(🔄)机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件(⏹)背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配(📸)音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野(❓)爱衣 配音），其(⛸)身上(🦉)似乎(👠)隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音(🔧)）拒绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香(🏮) 配音），而是命令(🌆)草薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙(📚)在少女身上不仅发现两个灵魂的存在，更触(🌊)摸到了被官方、军方可(🕺)以隐藏的悲惨真相……相对于其(qí )他人，被任命为部长(zhǎng )的四(sì )人的脑海中却多出了一些东(dōng )西，一些关于部门(mén )的职位，在经过了解之后，也大概清楚了自(⛎)(zì )己(🀄)的工作(🎺)。