1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生(🔽)物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬(🕉)間支配了(🕯)廣泛地區的WORM，人類成立(🔙)了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪(🌇)面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。2006年，在這個沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立(🌇)團體NEOZECT，而ZECT亦開始對這群(🌽)背叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令戰局(🍨)產生極大變化。ZECT總部(🎳)得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出(😷)「天空之梯子計劃」，於大氣層(💨)的太空站(😎)設置巨型CLOCKUP機(⏳)器，製造轉移空間把彗星拉往地(🚹)球，製造出莫大的水源。透過這個計(🉐)劃，ZECT的權力就會越趨龐大(🍗)，足以支(🥐)配地球。ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」，而從天道手上得(🚷)知這項情報的NEOZECT，亦決定搶奪這個計劃，壓抑ZECT繼續增大權力。為了組織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與矢車想；為(🙁)了自由而戰的NEOZECT戰士織田秀成和風間大(🧗)介；為了最愛的日和而戰的加賀美(📏)新，還有目的完全不(🔓)明的天道總司；以及身份神秘的黃金假面騎士。在各人思想交(🧤)錯的漩渦中，假面騎士的戰鬥已延伸到浩瀚宇宙…树妖是(🏏)重中(zhōng )之重，只有依靠(👲)他的树枝缠住沙(shā )漠蠕虫，才有(yǒu )机会击杀沙漠蠕虫。