故事的舞台是互联网系统发达的都市「DENCITY」。在那里有经由巨型企(💭)业「SOL技术社」通过高度的(🚋)网络技术构筑而成的被称为「LINKVRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到(🙀)全新(🚀)的决斗而狂热。可是在「LINKVRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的(🚰)“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场(😯)传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士(🚩)团」打倒，成功捕获了「SOL技(👌)术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名(♏)远播，成(🏡)为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某(⏰)位高中(📳)生藤木游作，为了寻(🈂)找过去发(🕖)生的某件事件的真相，对再次在(⏹)「VRAINS」出(😓)现的「海诺因骑(🌈)士团」展开了追击......以此为契机，命运的齿(🌠)轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「LinkVrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「LinkVrains」中母皇(🏄)虽死，不过它临死(sǐ )的时候让外(wài )面(miàn )的生物来这片空间，那些(🍚)(xiē )生物还是按照母皇的命令来这(zhè )里。